16. yy. başından 1826’ya kadar, Yeniçeri ağalarının oturduğu askeri merkezin adıdır. İstanbul’da “kapu” olarak adlandırılan üç büyük kuruluştan biridir. Diğerleri Paşa Kapısı (sadrazamlık) ve Şeyhülislam (fetvâ) Kapısı’ydı. Tarihçiler, 15. yy.’ın ikinci yarısında, bu adda bir yerden söz etmemektedir. Çünkü önceki yeniçeri ağalan Yeniçeri Ocağı’nın içinden atanmakta ve ocakta oturmaktaydılar.
Ağa Kapısı’nın Saray-ı Atik’in (Eski Saray) yakınında şimdiki İstanbul Müftülüğü’nün bulunduğu yerde 17. yy.’da yapıldığına dair, İ. H. Uzunçarşılı’nın Kavanin-i Yeniçeriyân adlı kaynağa dayanarak verdiği bilginin gerçeği yansıtmadığını gösterir. İstanbul’daki önemli olaylar sırasında Ağa Kapısı’ndan ilk kez söz edilmesi ise II. Osman’ın tahttan indirildiği 1622 yılındadır. II. Osman, ayaklanma başlayınca ilkin Ağa Kapısına sığınmıştı. Tarih- i Naima’da 1651 yılı olayları anlatılırken eski Ağa Kapısı’nın Tekeli Köşkü’nden söz edilmektedir. Bu yıllarda Ağa Kapısı etrafı yüksek duvarlarla çevrili bir alan içinde ahşap yapılar topluluğu halindeydi.
1826’da Yeniçeri Ocağı kapatılınca Ağa Kapısı da Meşihat Dairesi olmak üzere şeyhülislama tahsis edildi. Bu münasebetle,
Ağa Kapusunu verdi bize Sultân Mahmud /
Bâb-ı tezvir idi, Hak kıldı mâkam-ı iftâ
beytiyle tarih düşülmüştür. (Eyice- Sakaoğlu, Ağa Kapısı mad., DBİA)
