Hicri Takvime göre 3 Safer veya 1 Receb 57 (16 Aralık 676 veya 10 Mayıs 677) tarihinde Medine’de doğmuştur. Babası Kerbelâ Vak‘ası’ndan sağ kurtulan Ali b. Hüseyin Zeynelâbidîn, annesi Fâtıma bint Hasan’dır. Baba tarafından Hz. Hüseyin’in, anne tarafından Hz. Hasan’ın torunudur. Bâkır lakabı, “bâkırü’l-ilm” tamlamasının kısaltılmış şekli olarak “ilmi yarıp derinliklerine ulaşan, geniş ilim sahibi” anlamına gelir. Zaman zaman Şâkir, Emîn, Hâdî ve Şebîh lakaplarıyla da anılmıştır. Sonuncu lakap onun Hz. Peygamber’e benzemesinden dolayı verilmiştir. 4 yaşında Kerbelâ Vak‘ası’na (10 Muharrem 61 / 10 Ekim 680) şahit olan İmam Muhammed, Câbir b. Abdullah tarafından Hz. Muhammed’e benzerliğiyle tanınmıştır. Hayatının büyük bir kısmını Medine’de geçiren İmam Muhammed el-Bâkır babasından önemli ölçüde faydalandı. Ayrıca Câbir b. Abdullah, Ebû Saîd el-Hudrî gibi sahâbîlerle Saîd b. Müseyyeb ve Muhammed b. Hanefiyye’den hadis naklettiği gibi başta büyük dedesi Ali b. Ebû Tâlib olmak üzere ulaşamadığı diğer ashaptan gelen bazı hadisleri de rivayet etti.
Hicri takvime göre 94’te (712-13) veya bir yıl sonra babasının ölümü üzerine imâmet görevini üstlenen Muhammed el-Bâkır, ilmî çalışmalarını sürdürmesi yanında Emevîler’e karşı babasının uyguladığı sükûnet politikasını izledi; yönetimle mücadele etme hususundaki düşüncelere katılmadığı gibi dolaylı olarak da destek vermedi. Bu sebeple kardeşi Zeyd b. Ali’nin düşüncelerini onaylamadığı ve zaman zaman onu uyardığı bilinmektedir. İmam Muhammed el-Bâkır, Basra fakihlerinden Katâde b. Diâme, Kādî Ömer b. Zer, Mu‘tezile ileri gelenlerinden Amr b. Ubeyd, Nâfi‘ b. Ezrak ve oğlu Abdullah, Tâvûs el-Yemânî, Muhammed b. Münkedir ve Ebû Hanîfe gibi isimlerle münazaralarda bulundu. Ayrıca Şiî kaynaklarında Ebû Hanîfe ile tartışmalarında onu müşkül durumda bıraktığı kaydedilmektedir. Bu arada Muhammed el-Bâkır’ın halife Hişâm tarafından Şam’a çağrıldığı ve burada çeşitli münazaralara katıldığı belirtilmektedir. Şam’da Hişâm ile karşılaşınca sıkıntıya uğrayan, hapsedilen veya kötü şartlar altında Medine’ye gönderilen Muhammed el-Bâkır, daha önce Medine’de Ömer b. Abdülazîz’le görüşmesinde ondan iyi muamele görmüş ve Fedek hurmalığının Ali neslinin mülkiyetine intikal ettirilmesini sağlamıştı.
Muhammed el-Bâkır 114 yılının Zilhicce ayında (Ocak-Şubat 733) Medine’de vefat etti ve Bakī‘ Mezarlığı’na defnedildi. Bazı rivayetlerde ölüm tarihi 1-4 yıl sonra gösterilmektedir. İmam Muhammed el-Bakır’ın 7 çocuğu vardır. Sünnî ve Şiî kaynaklarının büyük bir âlim olduğu konusunda ittifak ettiği Muhammed el-Bâkır’dan başta oğlu Ca‘fer es-Sâdık, Atâ b. Ebû Rebâh, Amr b. Dînâr, Ebû İshak es-Sebîî, İbn Şihâb ez-Zührî, Yahyâ b. Ebû Kesîr, Rebîatürre’y, Leys b. Ebû Süleym, İbn Cüreyc, A‘meş, Evzâî, Meymûn el-Kaddâh gibi şahsiyetler rivayette bulunmuştur. İbn İshak’ın sîre rivayetleri hususundaki önemli kaynaklarından biri olan ve Kerbelâ hadisesiyle ilgili bazı nakilleri Taberî’de yer alan Muhammed el-Bâkır, Medine’deki ilk fıkıh âlimlerinden biridir. Sünnî hadis kaynaklarında az sayıda rivayetlerine yer verilen Bâkır’dan gelen hadisler daha çok sûfî çevrelerce rağbet görmüştür.
Şiî rivayetlerinde Muhammed el-Bâkır, Şiî dinî ve hukukî öğretilerin başlatıcısı ve daha sonra oğlu Ca‘fer’le birlikte İmâmiyye Şîası’nın kurucusu olarak gösterilir. İmâmetin Hz. Peygamber’den Ali’ye, ondan diğer imamlara nasla intikali, her imamın kendisinden sonraki imamı tayin etmesi, bütün imamların Fâtıma neslinden geleceği, imamların özel bir ilme ve mutlak otoriteye sahip bulundukları, imamın düşmanlarıyla mânevî ilginin kesilip takıyyeye müsaade edilmesi gibi hususlar Muhammed el-Bâkır’a dayandırılmaktadır. Onun öğretileri doğrultusunda gelişen İmâmî telakkinin ictihada değil, nakle önem verdiği anlaşılmaktadır. Muhammed el-Bâkır, çeşitli kelâm meselelerinde müstakil düşüncelere sahip olan ve bu konularda kendisiyle tartışan öğrencilerinden Zürâre b. A‘yen’e müminle kâfir arasında orta bir yer bulunmadığını belirtmiştir.
Kardeşi Zeyd ile samimi ilişki içinde bulunduğu bilinen Muhammed el-Bâkır onu Emevîler’e karşı gerçekleştirmek istediği, hazırlıkları iyi yapılmamış bir isyan hareketinin fayda vermeyeceği yolunda ikaz etmiştir. Bu arada öğrencilerinden bir kısmının ve özellikle Ebü’l-Cârûd’un Zeydiyye’ye intikal ettiği ve hocasının bazı düşüncelerini ilk Zeydî toplumu içinde yaydığı bilinmektedir. Bu sebeple daha sonraki Zeydî müelliflerince imam kabul edilmemesine rağmen büyük bir ilmî otorite olarak benimsenmiştir.
Kaynaklar, Muhammed el-Bâkır’ı Medine’deki ilim çevresinde muhafazakâr, güvenilir bir râvi olarak görür. Rivayete göre Muhammed el-Bâkır, Ehl-i beyt içinde günahı şirk kabul eden, rec‘ata inanan kimselerin bulunmadığını belirtmiştir. İmam Muhammed el-Bâkır’ı mâsum imam olarak kabul eden Şîa onun bilgilerinin tamamen ilâhî kaynağa dayandığını, kardeşi Zeyd b. Ali’nin Emevîler’le mücadelesi esnasında öleceği ve Ebû Ca‘fer el-Mansûr’un Abbâsî halifesi olacağı gibi geleceğe yönelik hadiseleri haber verdiğini ileri sürmüş, Bâkır’ın hayvanların dilinden anladığını ve körleri iyileştirme gibi mu‘cizeleri bulunduğunu bildirilmiştir.
Muhammed el-Bâkır’ın dinî konulardaki beyanları, öğrencilerinin teliflerinde yer almışsa da ona nisbet edilen en önemli eser Tefsîru Ebi’l-Cârûd adıyla bilinir. Kendisinin bir öğrencisine yazdırdığı, ondan da Ebû Basîr’in rivayet ettiği eserin muhtevası, kısmen Ali b. İbrâhim b. Hâşim el-Kummî’nin tefsirine dercedilmiş olarak muhafaza edilmiştir.
