Von Anfang des 16. Jahrhunderts bis 1826 war es das militärische Zentrum, in dem die Janitscharen-Aghas residierten. Es war eine der drei großen „kapu“ genannten Einrichtungen in Istanbul. Die anderen waren das Pascha-Kapısı (Büro des Großwesirs) und das Şeyhülislam (Fatwa) Kapısí. In der zweiten Hälfte des 15. Jahrhunderts wird ein Ort mit diesem Namen in den Geschichtsbüchern nicht mehr erwähnt. Dies liegt daran, dass die früheren Janitscharen-Aghas aus dem Janitscharen-Ocak heraus ernannt wurden und im Ocak wohnten.
Dies zeigt, dass die von İ. H. Uzunçarşılı auf der Grundlage der Quelle Kavanin-i Yeniçeriyân gemachte Angabe, das Aga-Kapısı sei im 17. Jahrhundert in der Nähe des Saray-ı Atik (Alter Palast) erbaut worden, wo sich heute das Büro des Istanbuler Muftis befindet, nicht der Wahrheit entspricht. Die erste Erwähnung des Aga-Kapısı bei wichtigen Ereignissen in Istanbul stammt aus dem Jahr 1622, als Osman II. abgesetzt wurde. Osman II. suchte zunächst Zuflucht im Aga-Kapısı, als der Aufstand begann. In der Beschreibung der Ereignisse von 1651 in Tarih- i Naima wird der Tekeli-Pavillon des alten Aga-Kapısı erwähnt. In diesen Jahren war das Aga-Kapısı eine Ansammlung von Holzgebäuden in einem von hohen Mauern umgebenen Gebiet.
Als der Janitscharen-Ocak 1826 geschlossen wurde, wurde das Aga-Kapısı dem Sheikhulislama als Büro des Mashihat zugewiesen.
Bei dieser Gelegenheit:
(Ağa Kapusunu verdi bize Sultân Mahmud /
Bâb-ı tezvir idi, Hak kıldı mâkam-ı iftâ)
schenkte uns Sultan Mahmud das Aga-Kapısı /
Es war ein bâb-ı tezvir, Hak machte es zu einem Ehrenplatz
(Eyice- Sakaoğlu, Aga-Tor, DBİA)
