Er wurde in Medina am 3 Safar oder 1 Rajab 57 (16. Dezember 676 oder 10. Mai 677) nach dem Hijri-Kalender geboren. Sein Vater war Ali b. Husayn Zayn al-Abidîn, der die Schlacht von Kerbala überlebte, und seine Mutter war Fâtima bint Hasan. Er ist der Enkel von Hz. Husayn väterlicherseits und Hz. Hasan mütterlicherseits. Der Spitzname Bâkır, die Kurzform des Ausdrucks „bâkırü’l-ilm“, bedeutet „einer, der die Tiefen des Wissens erreicht, der Besitzer eines breiten Wissens“. Von Zeit zu Zeit war er auch unter den Beinamen Shāqir, Amīn, Khādī und Shabīh bekannt. Der letzte wurde ihm wegen seiner Ähnlichkeit mit dem Propheten gegeben. Im Alter von 4 Jahren war Imam Muhammad Zeuge des Ereignisses von Karbala (10 Muharram 61 / 10. Oktober 680) und wurde von Jâbir b. Abdullah wegen seiner Ähnlichkeit mit dem Propheten Muhammad erkannt. Imam Muhammad al-Baqir, der die meiste Zeit seines Lebens in Medina verbrachte, profitierte erheblich von seinem Vater. Er überlieferte auch Hadithe von Gefährten wie Jābir b. Abdullah, Abū Saīd al-Khudrī, Saīd b. Musayyeb und Muhammad b. Hanafiyya, sowie einige Hadithe von anderen Gefährten, die er nicht erreichen konnte, insbesondere von seinem Urgroßvater Ali b. Abū Thālib.
Muhammad al-Baqir, der nach dem Tod seines Vaters im Jahr 94 (712-13) nach dem Hijri-Kalender oder ein Jahr später das Imamat übernahm, setzte seine gelehrten Studien fort und folgte der Politik der Ruhe seines Vaters gegenüber den Umayyaden; er war nicht mit den Ideen des Kampfes gegen die Verwaltung einverstanden und unterstützte sie nicht indirekt. Aus diesem Grund ist bekannt, dass er die Gedanken seines Bruders Zayd b. ‚Ali nicht billigte und ihn von Zeit zu Zeit warnte. Imam Muhammad al-Baqir debattierte mit den Basraer Rechtsgelehrten Qatāda b. Diāma, Kādī ‚Umar b. Zer, Amr b. Ubayd, Nāfi‘ b. al-Azraq und dessen Sohn ‚Abdullah, Ṣāwūs al-Yamānī, Muhammad b. Munqadir und Abū Hanīfa. In den schiitischen Quellen ist auch überliefert, dass er Abū Hanīfa in seinen Debatten mit ihm in einer schwierigen Situation zurückließ. In der Zwischenzeit wird berichtet, dass Muhammad al-Baqir vom Kalifen Hishām nach Damaskus berufen wurde und dort an verschiedenen Debatten teilnahm. Muhammad al-Baqir, der sich in Schwierigkeiten befand, inhaftiert oder unter schlechten Bedingungen nach Medina geschickt worden war, als er Hishām in Damaskus traf, hatte zuvor bei seinem Treffen mit ‚Umar b. ‚Abd al-‚Aziz in Medina eine gute Behandlung erfahren und dafür gesorgt, dass die Palme von Fadak in den Besitz der Nachkommenschaft von ‚Ali überging.
Muḥammad al-Bāqir starb in Medina in Dhu’l-Hijjah 114 (Januar-Februar 733) und wurde auf dem Baqī‘-Friedhof beigesetzt. In einigen Überlieferungen wird das Datum seines Todes 1-4 Jahre später angegeben. Imam Muhammad al-Baqir hatte 7 Kinder. Sunnitische und schiitische Quellen stimmen darin überein, dass Imam Muhammad al-Baqir ein großer Gelehrter war, und sein Sohn Ja’far al-Sādiq, Atā b. Abū Rebāḥ, Amr b. Dīnār, Abū Ishaq al-Sabīrī, Ibn Shihāb al-Zuhrī, Yahyā b. Abū Kathīr, al-Rabīatürre’y, Leys b. Abū Suleym, Ibn Jurayj, A’meş, al-Ahzāʾī, Maimonides al-Kaddāḥ und andere haben von ihm berichtet. Muhammad al-Baqir, der eine der wichtigsten Quellen Ibn Ishaqs für die Überlieferungen der sīrah ist und von dem einige Erzählungen über den Vorfall von Karbala bei Tabari zu finden sind, war einer der ersten Rechtsgelehrten in Medina. Die Hadithe von al-Baqir, deren Überlieferungen in sunnitischen Hadith-Quellen selten sind, waren vor allem in Sufi-Kreisen beliebt.
In schiitischen Überlieferungen wird Muhammad al-Baqir als Initiator schiitischer Religions- und Rechtslehren und später als Begründer der Imāmiyya Shī’a mit seinem Sohn Ja’far dargestellt. Themen wie die Übertragung des Imām vom Propheten auf ‚Ali und von ihm auf die anderen Imame, die Ernennung des nächsten Imams durch jeden Imam, die Abstammung aller Imame von Fāṭimah, das besondere Wissen und die absolute Autorität der Imame, die Beendigung des geistigen Kontakts mit den Feinden des Imams und die Erlaubnis der Taqiyya werden Muhammad al-Baqir zugeschrieben. Es wird davon ausgegangen, dass die Lehre der Imaamiten, die sich im Einklang mit seinen Lehren entwickelte, den Schwerpunkt eher auf die Überlieferung als auf den Ijtihād legte. Muhammad al-Baqir erklärte einem seiner Schüler, Zurāra b. A’yen, der in verschiedenen theologischen Fragen unabhängige Meinungen vertrat und mit ihm darüber stritt, dass es keinen Mittelweg zwischen einem Gläubigen und einem Ungläubigen gebe.
Muhammad al-Baqir, von dem bekannt war, dass er ein freundschaftliches Verhältnis zu seinem Bruder Zayd hatte, warnte ihn, dass eine schlecht vorbereitete Rebellion gegen die Umayyaden nicht fruchtbar sein würde. In der Zwischenzeit ist bekannt, dass einige seiner Schüler, insbesondere Abū al-Jārūd, zur Zaydiyya konvertierten und einige der Ideen seines Lehrers in der frühen Zaydī-Gemeinschaft verbreiteten. Aus diesem Grund wurde er, obwohl er von späteren Zaydī-Autoren nicht als Imam akzeptiert wurde, als große gelehrte Autorität anerkannt.
Die Quellen betrachten Muhammad al-Baqir als einen konservativen, zuverlässigen Erzähler im Gelehrtenkreis in Medina. Der Überlieferung zufolge erklärte Muhammad al-Baqir, dass es unter den Ahl al-Bayt keine Menschen gab, die die Sünde als Schirk akzeptierten und an die rec’at glaubten. Die Schiiten, die Imam Muhammad al-Baqir als unschuldigen Imam ansahen, behaupteten, dass sein Wissen ausschließlich auf göttlichen Quellen beruhte, dass er zukünftige Ereignisse wie den Tod seines Bruders Zayd b. ‚Ali während seines Kampfes mit den Umayyaden voraussagte und dass Abū Ja’far al-Mansūr Kalif der Abbasiden werden würde, und dass al-Baqir die Sprache der Tiere verstand und Wunder wie die Heilung von Blinden vollbrachte.
Obwohl Muhammad al-Baqirs Aussagen zu religiösen Fragen in die Schriften seiner Schüler aufgenommen wurden, ist das wichtigste Werk, das ihm zugeschrieben wird, als Tafsīru Abī al-Jārūd bekannt. Der Inhalt des Werkes, das er einem seiner Schüler diktierte und das Abū Basīr von ihm überlieferte, ist teilweise im Tafsīr von Ali b. Ibrāhīm b. Hāshim al-Qummī erhalten geblieben.
