Imam Muhammad Taqi, wurde der Mehrheit zufolge am 19. Ramadan 195 (15. Juni 811) in Medina geboren. Es wird überliefert, dass seine Mutter wie Māriya, eine der Ehefrauen des Propheten, sudanesischer Herkunft war. Abū Ja’far Muhammad ist auch unter den Beinamen Taqī, Muntajeb, Najīb, Murtazā und Kāni‘ bekannt, zusätzlich zu Jawād, was „großzügig“ bedeutet, und er wird in den Büchern des Tabakat mit dem Beinamen Abū Ja’far al-Sānī geführt, um ihn von Muhammad al-Baqir zu unterscheiden. Bei den Aleviten ist er als Imam Muhammad Taqi bekannt. Es heißt, dass Imam Muhammad Taqi sieben Jahre alt war, als sein Vater Ali al-Reza starb (203/818). Als einige Kreise Diskussionen über sein Imamat begannen, rezitierte Muhammad al-Taqi, der von diesen Diskussionen wusste, den Vers (Yusuf 12/108), der lautet: „Sprich: ‚Dies ist mein Weg, ich rufe Gott mit Hellsichtigkeit an …'“ und sagte, dass Imam Ali zum Zeitpunkt seiner Konversion zum Islam neun Jahre alt war. Der Erzählung zufolge stellte ihm die versammelte Gemeinde einige Fragen, um ihn zu prüfen, und er gab ähnliche Antworten wie sein Vater, was die Ansicht bestärkte, dass er sein Wissen von seinem Vater erhalten hatte. In der Zwischenzeit wurde imāmah mit dem Prophetentum gleichgesetzt, und es wurde daran erinnert, dass das Prophetentum Yahyā und Îsā in jungen Jahren verliehen wurde, was die imāmah von Muhammad Taqi bewies.
Nach dem Tod von Imam ‚Ali al-Reza holte der abbasidische Kalif al-Ma’mūn, der das Wissen und die Vollkommenheit von Muhammad al-Taqi schätzte, ihn von Medina nach Bagdad. Der Kalif, der Imam Taqi respektierte, verheiratete Imam Taqi gegen den Widerstand seiner Verwandten mit seiner Tochter Umm al-Fazl. Aus dieser Ehe gingen Ali al-Hādī, Mūsā, Fatima und Umāma hervor. Während der acht Jahre, die er in Bagdad verbrachte, finden sich in vielen Quellenbüchern seine überzeugenden Antworten auf die Fragen, die ihm von vielen Menschen, insbesondere dem Qadi Yahyā b. Asams, gestellt wurden. Imam Muhammad erbat von al-Ma’mūn die Erlaubnis zur Pilgerfahrt und reiste mit seiner Frau und seinem kleinen Sohn Ali nach Medina. Nach dem Tod von al-Ma’mūn im Jahr 218 (833) im Krieg mit den Byzantinern wurde Mu’tasim-Billāh Kalif. Der neue Kalif ließ Imam Taqi Anfang 220 (835) nach Bagdad bringen, und Imam Taqi starb am Ende des Dhu’l-Qa’dah (25. November) desselben Jahres und wurde neben dem Grab seines Großvaters Mūsā al-Kāzim auf dem Quraisch-Friedhof beigesetzt. Beide Gräber sind bis heute als Pilgerstätte in Kāzimayn erhalten geblieben. Es wird berichtet, dass Imam Muhammad al-Taqi von seiner Frau Umm al-Fazl oder von Mu’tasim-Billāh oder von jemand anderem vergiftet wurde.